Көкөмерен дарыясы Ала-Тоонун түштүк капталдарынан башталат, анын кырка тоолору Бишкектен жакшы көрүнүп турат, Суусамыр өрөөнүнүн чыгыш четин айланып өтүп, андан ары түштүккө карай абдан кооз капчыгайлар аркылуу агып, акыры Нарын дарыясына куят. Анын агымынын эң кооз жери - Суусамырдагы Кожомкул айылынан баштап, капчыгайлар аркылуу Чаек-Кочкорка трассасына чейин, ал жерде дарыя кескин оңго (батышка) бурулат.