Река Кекемерен берёт своё начало на южных склонах гор Ала-Тоо, гряда которых хорошо видна из Бишкека, огибает по восточной кромке равнину Суусамыр, дальше течёт почти строго на юг по очень живописным ущельям и, в конце концов, впадает в реку Нарын. Самая красивая часть её течения — от посёлка Кожомкул на Суусамыре и вдоль по ущельям до трассы Чаек-Кочкорка, где река заворачивает резко вправо (на запад).
