Озеро Чатыр-Куль находится на высоте 3500 метров над уровнем моря. Озеро является третьим по величине озером в Кыргызстане: его площадь составляет 175 кв. км. а глубина достигает 16,5 метров. В высокогорное озеро впадают около 17 рек, при этом только одна постоянная. Чтобы попасть на Чатыр-Куль, нужно получить специальное разрешение сотрудников пограничной службы. В заповеднике обитают снежные барсы, красные сурки и горные козлы, занесенные в Красную книгу, а также много других диких животных.